در فصّ ۱۷، از حکمت وجودی داود(ع) سخن می‌رود. شارح جامی می‌نویسد: «إنّما خُصَّتِ الکَلمَةُ الدّاودیّةُ بِالحِکمَةِ الوُجودیّةِ لِأنّ الوُجودَ إنّما تَمَّ بِالخِلافَةِ الإلهیّةِ فی الصّورةِ الإنسانیّة، وَ اوّلُ مَن ظَهَرَ فیهِ الخِلافَةُ فی هذا النّوع کانَ آدمُ علیه‌السّلام، وَ اوّلُ مَن کُمِّلَ فیهِ الخِلافَةُ بِالتّسخیر.... هُوَ داودُ علیه‌السّلام» (نقدالنّصوص، ص 231). کمال خلافت از بهر داود بود علیه‌السّلام، که جبال و طیر با او در تسبیح، همسرایی می‌نمودند، و مُلک و حکمت و نُبُوّت در وجود او جمع آمد، و خطاب «یا داودُ إنّا جَعَلناکَ خَلیفةً فِی الأرضِ فَاحْکُم بینَ النّاسِ بِالحَقّ» (ص، 26) در خصوص اوست. می‌دانیم که گاه ترتیب تاریخی انبیاء در فصوص رعایت نشده، چنان که حکمت داود و حکمت سلیمان علیهما‌السّلام با اینکه اوّلی پدر دومی است، برعکس ترتیب تاریخی است. شارح جامی راز این امر را می‌کوشد تا توضیح دهد. بنا بر نوشتۀ او، داود(ع) مظهر کلیّات احکام اسمائی و صفات ربّانی و آثار روحانی و قوای طبیعی بوده، به‌طوری که مستحقّ مقام خلافت الهی گشته است، حال آنکه فرزندش سلیمان(ع) که جمیع این معانی را از پدر به ارث برده بوده، علاوه بر آن، به تفصیل فعلی و حکم ظاهر جلیّ و تسخیر عام کلّی نیز دست یافته بوده است، تا به حدّی که دیگر از آن پس، هیچ شهریاری به گرد سلیمان(ع) نخواهد رسید. به نظر جامی، مُلک حقّانی تدریجاً طی مراحلی، از غیب در شهادت پدیدار آمده و بعد از سلیمان(ع) تدریجاً بساطش برچیده شده و از شهادت به غیب بازگشته است. البتّه جامی اگر با حکمت اشراق آشنا می‌بود، دربارۀ ظهور و بطون شهریاری، بهتر قلم می‌توانست زد، ولی صد حیف که به گواهی کتاب او به نام نفحات‌الانس، هیچ ارادتی به شیخ اشراق ندارد و بالطّبع هیچ گونه آشنایی هم با حکمت خسروانی نیافته است.
داود(ع) موهبت‌های فراوانی از خدای تعالی دریافت کرد که از جملۀ آنها نُبوّت بود، و حکمت بود. فرزندی همانند سلیمان(ع) خود موهبتی به شمار می‌رود: «وَ وَهَبنا لِداودَ سُلیمانَ» (ص، 30). مقصود از موهبت این است که بخشش و دهش الهی در ازاء خدمت بنده نباشد. ولی در آیۀ «وَ لَقَد آتَینا داودَ مِنّا فَضلاً» (سبأ، 10) جای تأمّل است که آیا این فضل به معنی هبه است یا در ازاء خدمت؟ پاداش دادن یک عمل با مثلاً ده پاداش هم نوعی فضل محسوب می‌شود. شارح جامی می‌نویسد که ظاهراً در اینجا هم فضل به معنی هبه است. محیی‌الدّین در پیرامون آیۀ «إعمَلوا آلَ داودَ شُکراً وَ قَلیلٌ مِن عِبادیَ الشَّکور» (سبأ، 13) می‌نویسد که «شَکور» به ساختار مبالغه، نه تنها به شکر در ازاء نعمت اشاره دارد، بلکه بر شکر تَبرُّع نیز دلالت می‌نماید، یعنی بر شکری که در ازاء نعمت نیست، مانند سخن حضرت رسول(ص) که به این سؤال که عبادت زیاده از حدّ برای شما چه ضرورتی دارد، پاسخ فرمود: «أفَلا أکونُ عبداً شَکورا؟»
دربارۀ معنی «وجود»، به نظر می‌رسد که «وجود» در اینجا به معنی جهان هستی است. در حقیقت، جهان هستی از خود هیچ است و جز ظهور «وجود» نیست. داود(ع) خلیفۀ خدای تعالی در زمین است، و به هر آنکه خلافت بخشیده شود، بدو حکمفرمایی و تصرّف در عالم بخشیده می‌شود. بنابراین، همسرایی جبال و طیر با داود(ع) حاکی از موافقت و همداستانی آنها با او دارد، تا چه رسد به همداستانی و موافقت آدمیان با او. محیی‌الدّین می‌نویسد: «وَ داودُ علیه‌السّلام مَنصوصٌ علی خِلافَتِهِ و الإمامَةِ، و غیرُهُ لیسَ کذلک. وَ مَن أُعطِیَ الخِلافَةُ، فَقَد أُعطِیَ التَّحَکُّمُ و التَّصَرُّفُ فِی العالَم. تَرجیعُ الجِبالِ مَعَهُ بِالتّسبیح وَ الطَّیرُ یُؤذَنُ بِالمُوافَقَة، فَمُوافَقَةُ الإنسانِ لَهُ اولیٰ» (نقش‌الفصوص، ص 10).
در فصوص، به «حکمت وجودی» بر می‌خوریم، و در آن کتاب اثری از «حکمت شهودی» پدیدار نیست. طبق گفتگوهایی که گذشت، حکمت شهودی- یا حکمت شاهدیّه- به زردشت اسپیتمان تعلّق دارد. در پاسخ این پرسش که چرا محیی‌الدّین در کتاب خود از زردشت سخن نگفته است، می‌توان گفت که زردشت سپیتمان جزو انبیایی نیست که در قرآن کریم به سرگذشت ایشان اشاره رفته، حال آنکه فصوص‌الحکم کتابی است الهامی که به‌شدّت ناظر به معانی و حتّی الفاظ قرآنی است. با این همه، ذکر مجوس (آیین مغان) در آیۀ سورۀ حج، و ذکر داستان خضر(ع) و ذو‌القرنین در آیات سورۀ کهف که به عنوان پیر پیران و شهریار شهریاران با آیین مغان پیوستگی دارند، نشان می‌دهد که پیغمبر ایران باستان را نمی‌توان به‌کلّی نادیده گرفت و پاک نیست و نابود انگاشت.
امّا حکمت حضرت یونس(ع): حکمت یونس(ع)، در فصوص و نقش‌الفصوص، حکمت نفسیّه نام دارد. همان طور که حکمت یعقوب(ع) را به دو صورت رَوحیّه و رُوحیّه خوانده بودند که دومی قرائت قونوی است در فکوک، بر همین سان، حکمت یونس(ع) را جندی به سکون فاء و قونوی به فتح فاء خوانده‌اند. در هر دو مورد، رأی قونوی راجح به نظر می‌رسد، بی آنکه رأی دیگر به‌کلّی نفی شود. قونوی در فکّ الختوم می‌نویسد: «فَاعْلَمْ أنّ سرَّ تسمیَةِ شیخِنا قَدّسَ اللّهُ روحَهُ هذه الحِکمة بالحکمةِ النَّفْسیّةِ هو مِن أجلِ أنّ یونُس علیه‌السّلام کانَ مَظهَراً لِلصِّفَةِ الکُلّیّة الّتی تَشتَرِکُ فیها النّفوسُ الإنسانیّةُ و مثالَها مِن حیثُ تدبیرِها لِلأبدانِ العُنصُریّةِ، و احوالُهُ علیه‌السّلام صُوَرُ احکامِ تلک الصّفَةِ الکُلّیّة و أمثِلتِها بِحَسَبِ ما یَقتَضیهِ مَرتَبتُهُ و استعدادُهُ» (نقدالنّصوص، ص 241).
یونس(ع) پیغمبر سرزمین نینوا بود- در عراق فعلی- با بیش از صد هزار نفوس، و پس از دعوت آن قوم، از خیره‌سری آنها و لجاج آنها خشمگین شد و آنها را ترک کرد، در حالی که آن قوم، کمی پس از آنکه یونس(ع) ایشان را ترک گفت، ایمان آوردند. محیی‌الدّین می‌نویسد: اگر اثر غضب یونس(ع) چنین بوده است، بنگر که اثر رضای او چه ها که نمی‌بود! برکت یونس(ع) به قوم او سرایت کرد که ایمان آوردند، و به همین جهت، خدای تعالی قوم را به یونس(ع) اضافه می‌فرماید: «فَلَو لا کانَت قَریَةٌ آمَنَت فَنَفَعَها ایمانُها الّا قومَ یونسَ» (یونس، 98). شارح جامی می‌نویسد: «غضب یونس علیه‌السّلام با قومش خالصاً لِوَجه اللّه بود، نه به هوای نفس و خوش‌آمد خاطر. لاجرم آثار و انوار آن در احوال اقبال‌مآل قومش لامع شد، و برکات و ثمرات آن به ایّامِ سعادت‌فرجام شان راجع گشت. پس اگر بالفرض به جای مفارقت، شیوۀ مواصلت پیش بردی و در مقام غضب، طریق رضا و خشنودی سپردی، شرف و قدر آن را که دانستی، و قیاس یُمن و برکت آن که توانستی؟ زان ماه چو خشم و ناز موزون باشد/ بنگر که رضا و مرحمت چون باشد» (نقد النصوص، ص ۲۴۲).
یونس(ع) چرا بی آنکه منتظر امر الهی بماند، از دعوت قوم خود دست برداشت و از آنها مفارقت نمود؟ چون او به خدای تعالی حسن ظنّ داشت و مطمئن بود که حق تعالی بر او سخت نمی‌گیرد. و همین حسن ظنّ او به خدای تعالی سبب نجات او از بطن حوت شد. جامی در شرح سخن ابن‌عربی می‌نویسد: «فَظَنّ یونسُ علیه‌السّلام باللّه سُبحانَهُ خیراً، کَما أخبَرَ سُبحانَه عنهُ بِقولِهِ «فَظنَّ أن لَن نَقدرَ علیه»، ای لن نُضیقَ علیه فی مهاجَرَتهِ قومَه مِن غیرِ انتظارٍ لأمرِ اللّه. فَنَجّاهُ اللّهُ سُبحانَهُ مِن الغمّ بِبَرَکةِ ذلک الظَنّ. و کذلک یُنَجّی اللّهُ سُبحانَهُ المُؤمنین، یعنی المؤمنینَ الصّادقینَ فی أحوالِهِم، کَصِدقِ یونسَ علیه‌السّلام فی حالِهِ، أعنی الغضَبَ فی اللّه» (همان).
البتّه سبب رهایی یونس(ع)، همچنین ذکری بود که در تهلیل و تسبیح حق تعالی بر زبان جاری ساخت، ولی بی حسن ظنّ باللّه که سرمایۀ اصلی عبد است، هیچ ذکری به خودی خود مایۀ نجات نتواند بود. یونس(ع) به لطف حق از شکم ماهی به ساحل دریا افتاد، همانند جوجه‌ای بی پرّ و بی دفاع. در اینجا بود که باز لطف حق، از کدو بُنی چتری بر سر او ساخت. کدو بن مگس‌ها را دفع می‌کند. جامی در شرح عبارت‌های کوتاه نقش‌الفصوص می‌نگارد: «و مِن لُطفِهِ سُبحانَه و عنایتِهِ بِهِ علیه‌السّلام أنبَتَت «علیه شَجَرةً مِن یَقطین» ای الدُّبّاء، فإنّ مِن فوائدِ الدُّبّاء أن الذُّبابَ لا یَجتَمعُ عندَهُ. فَکانَ یَستظِلُّ بِها إذ خَرَجَ مِن بَطنِ الحوت و نُبِذَ بِالعَراء، کَالفَرخ الّذی لیس علیه ریشٌ. فلَو نَزَلَ علیه الذُّبابُ، آذاه» (همان)
محیی‌الدّین در پایان سخن خود به این نکته اشاره می‌کند که یونس(ع) از جمع کشتی‌نشینان دوری نگزید. باور دریانوردان این است که به سبب حضور یک بندۀ گریزپای است که کشتی دچار طوفان می‌شود. یونس(ع) در قرعه‌کشی شرکت کرد و چون قرعۀ فال به نام او برآمد، خود را به دریا انداخت، زیرا متنبّه شده بود که بندۀ گریزپای کیست و دریا چرا در فغان و در غوغاست؟ رحمت و برکت یونس(ع) به جمع کشتی‌نشینان رسید و همگی به سلامت به ساحل نجات رسیدند. شارح جامی می‌نویسد: «ثُمّ إنّهُ لمّا ساهَمَهُم، ای قارَعَ اهلَ السّفینةِ حینَ ذَهَبَ مُغاضِباً علی قومِهِ و رَکَبَ فی السّفینة، فَوَقَفتْ. فقالوا ههُنا عبدٌ آبقٌ من سیّدهِ- و فیما یَزعُمُ البحّارون أن السّفینةَ اذا کان فیها آبقٌ، لم تَجْرِ- أدخَلَ نفسَهُ فیهِم، ای فی اهلِ السّفینةِ، فقال اقتَرِعوا. فَخَرجتِ القُرعَةُ علیه. فَقالَ أنا الآبِقُ و أوقَعَ نفسَه فی الماء، فَالتَقَمَه الحوت. فَعَمَّت الرّحمةُ جمیعَهُم بِبَرَکةِ إدخالِهِ نفسَهُ فیهم عند تلک المُساهَمَة، فَإنّ الحوتَ سارَ مع السّفینةِ رافعاً رأسَهُ، یَتَنَفّسُ فیه یونسُ و یُسبِّحُ، و لَم یُفارِقْهُم حتّی انتَهوا الی البَرّ...» (همان).
شارح جامی در پایان شرح این فصّ، سخن بلندی را از صاحب فکوک نقل می‌کند، به این مضمون که داستان یونس(ع)، داستان نفس انسانی است که با حسن ظنّ به مبدأ روحانی یا عقلانی خود، تعلّق داشتن به اجسام را کاری سهل می‌پندارد، حال آنکه چنین نیست. به لطف حقّ، نفس بیدار می‌شود و تعلّق الهی را به جای هر تعلّق دیگری برمی‌گزیند. برکت این بازگشت به سوی ربّ، به همۀ قوای نفس می‌رسد، و جملگی آنها از این برکت برخوردار می‌شوند.